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上新 | 触手可及！表观研究利器ATAC-seq你get了吗？
发布时间：
2024-02-26
表观遗传是一种在不改变DNA序列的前提下，通过其他机制也能引起基因表达或细胞表型变化的生物学现象。表观研究涉及的范围非常广泛，包括DNA甲基化，组蛋白修饰，转录调控，染色质可及性分析等。染色质可及性又称为染色质开放程度，反映了染色质的转录活性状态，是研究基因表达调控的重要方向，在表观遗传图谱绘制、细胞分化和发育及各类疾病的发生发展研究中具有重要的作用。
ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是2013年由斯坦福大学William Greenleaf开发的检测开放染色质的方法，其原理是利用转座酶Tn5可切割开放染色质区域的特性，对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
相信很多同学都有尝试过做ATAC-Seq实验，不知道大家有没有遇到过TSS富集不好，信噪比低，IGV视图背景高的问题呢？经小V的不懈努力，为大家带来了全新ATAC-Seq试剂盒——Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #TD711)，带你起飞！
新品介绍
Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina是Vazyme新款ATAC建库试剂盒，兼容100 - 100,000个细胞投入量，下机数据更优。更加稳定和优异的ATAC建库试剂盒Vazyme #TD711现已升级上市！
产品亮点
兼容100 - 100,000个细胞投入量
TSS富集良好且IGV视图信噪比高
性能展示
参照Vazyme #TD711实验流程对100 - 100,000个Hela细胞进行ATAC文库构建，不同细胞投入量下的扩增循环数如表1。结果表明：在不同细胞投入量下，Vazyme #TD711文库产出稳定，文库峰型呈现典型的Ladder状分布。
表1. 不同细胞投入量下的扩增循环数
图2. 不同细胞投入量下的文库产出
图3. 不同细胞投入量下的文库峰型
下机数据更优
将参照Vazyme #TD711实验流程得到的文库进行测序，下机后各样本截取10 G数据量进行生信分析，结果表明：TSS富集图显示在基因的转录起始位点周围富集明显；IGV视图显示ATAC在关键位点上的富集情况与CUT&Tag和CUT&RUN一致，且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点，实验结果真实可靠。
图4. 不同细胞投入量下的TSS富集图
注：CUT&Tag和CUT&RUN技术采用的靶点为H3K4me3。
图5.不同细胞投入量下的IGV视图
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