TruePrep Flexible DNA Library Prep Kit for Illumina
转座酶法建库;全基因组测序;宏基因组测序
· 建库耗时短:快速的建库流程,仅需1.3 h;
· 广泛的兼容性:兼容投入量100 pg - 500 ng;兼容不同物种基因组;
· 下机数据质量优:下机数据覆盖度高、均一性好;
1. 宽广的起始投入量兼容性(100 pg - 500 ng)
以不同投入量的基因组DNA为模板,参照各公司建库流程进行文库构建,使用Qubit检测文库浓度。结果显示:相比同类产品,Vazyme #TD504文库产量更高,且平均文库大小与同类产品一致。
图1. TD504与其他公司同类型产品文库产量与平均文库大小对比 |
2. 物种兼容性
以不同物种基因组DNA为模板进行文库构建,参照各公司建库流程进行文库构建,使用Qubit检测文库浓度。结果显示:针对不同物种Vazyme #TD504均能实现高效建库,相比同类产品,文库产量更高。
图2. 不同投入量下平均文库大小
3. 优异的测序数据质量
以不同物种基因组 DNA 为模板,分别使用 Vazyme #TD504 和其他公司同类产品进行建库,文库质控合格后,使用 HiSeq X-TEN/Novaseq 6000 进行 PE150 测序。测序结果显示,以不同物种为模板, Vazyme #TD504 相比同类产品,测序数据质量优、均一性好。
图3. 不同物种下机数据质量
均一性:
TD504(50 ng 拟南芥gDNA) |
I*(50 ng拟南芥gDNA)
|
图4. 拟南芥下机数据均一性 |
4. 高效的微生物检出率:
建立一个微生物检出模型:1 ng 293 细胞 gDNA 中分别加入 10 pg(1/100)、1 pg(1/1000)、100 fg(1/10000)的E.coli gDNA和λDNA,下机数据截取相同数据量后,与其他公司同类产品进行比较,Vazyme #TD504在三组模型中的Mapped reads数均高于其他公司同类产品。在E.coli gDNA和λDNA只占1/10000时,Vazyme #TD504仍有较高的Mapped reads数。
图5. 不同微生物模型Mapped reads
BOX 1,TNB 2~8℃保存,其余组分室温保存,根据不同目的地调整运输方式。
BOX 2,-30 ~ -15℃保存,≤ 0℃运输。
1. 使用该试剂盒是否需要对DNA进行精确定量?
不需要。TruePrep Flexible DNA Library Prep Kit for Illumina将转座酶偶联到磁珠上,从而显著提升了DNA模板投入量的兼容性,可以将100 pg - 500 ng DNA模板制备成Illumina高通量测序平台专用的测序文库。
2. 是否适用于PCR产物建库?
可以,但应保证其长度>100 bp。因转座酶无法作用于DNA末端,所以PCR产物末端50 bp测序覆盖度会有所降低,推荐在制备PCR产物时将待测区域两端各延长50 - 100 bp。
3. 组分TNB能否冻存?
不能。强烈建议将TNB置于2 ~ 8℃保存。
4. 使用TWB漂洗磁珠时,能否始终保持在磁力架上不进行重悬?
不推荐。不重悬漂洗可能会导致最终的文库产量比预期低。
5. 扩增后的PCR产物带有磁珠,能否使用转移的上清进行纯化或分选?
可以。该操作对文库产量及峰型无显著影响。
6. TruePrep系列能提供多少index组合?
最多提供384种index组合。其中TruePrep Index Kit V2 for Illumina(Vazyme #TD202)包含8种N5XX和12种N7XX,可提供96种index组合;TruePrep Index Kit V3 for Illumina(Vazyme #TD203)包含16种N6XX以及24种N8XX,可提供384种index组合。
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