VAMNE MagUltra FFPE DNA Extraction Kit
磁珠法FFPE DNA提取试剂盒
破译FFPE样本DNA,为肿瘤研究保驾护航
PCR;二代测序;杂交捕获等
本试剂盒采用安全无毒的环保脱蜡剂和高效的裂解、解交联试剂,能够裂解释放石蜡包埋切片及组织中的微量DNA。试剂盒中使用的高亲和力磁珠可在高盐缓冲液作用下吸附核酸,在低盐洗脱液作用下释放核酸,从而达到快速分离纯化核酸的目的。所得产物质量稳定,完整性和可扩增性好,可用于PCR、二代测序和杂交捕获等下游应用。本试剂盒可与自动化核酸提取仪配套使用进行高通量提取。
安全无毒:使用环保无毒的脱蜡剂代替传统有毒的二甲苯进行脱蜡
量高质优:提取产物产量高、纯度优,对下游无抑制,提取效果稳定可靠
1.兼容多样本低起始量投入
使用Vazyme #DM601&DM602与Supplier A - E提取大小一致且连续的小鼠肺脏、肝脏、脾脏石蜡切片(均1片,约30 mm2),用Qubit检测提取产物浓度(图1)、OneDrop检测纯度(图2),各取12 μl提取产物应用2%琼脂糖凝胶电泳检测基因组完整度(图3)。结果表明:Vazyme #DM601&DM602可兼容多脏器低起始量石蜡切片,产量高纯度优,基因组完整度较好,且DM602(机提)相较DM601(手提)无DNA产量损失。
图1. DM601&DM602和Supplier A - E提取30 mm2鼠肺、鼠肝、鼠脾组织投入面积提取产量对比结果
图2. DM601&DM602和Supplier A - E提取30 mm2鼠肺、鼠肝、鼠脾组织投入面积产物纯度对比结果
图3. DM601&DM602和Supplier A - E提取30 mm2鼠肺、鼠肝、鼠脾组织投入面积产物胶图对比结果
2.高质提取,下游无忧
使用Vazyme #DM601&DM602与Supplier A - E提取大小一致且连续的小鼠肺脏、肝脏、脾脏石蜡切片(均1片,约30 mm2),qPCR检测提取产物对下游扩增是否有影响(ΔCt = DM601的Ct值 - DM602及Supplier A - E的Ct值)(图4),提取产物经机械法打断后取100 ng DNA应用Vazyme #ND610进行建库,文库浓度及分析结果如图所示(图5)。结果表明:Vazyme #DM601&DM602与提取产物,对常见下游实验无抑制,并且可获得高质量的文库数据。
图4. 使用DM601&DM602和Supplier A - E提取30 mm2鼠肺、鼠肝、鼠脾组织,提取产物qPCR对比结果
图5. DM601&DM602和Supplier A - E提取30 mm2鼠肺、鼠肝、鼠脾组织,提取产物建库及分析对比结果
BOX 1,2 ~ 8℃保存,根据不同目的地调整运输方式;
BOX 2,15 ~ 25℃保存,室温运输。
Q1:样本投入较多,是否需要在说明书应加入脱蜡液体积的基础上增加用量?
A1:如果样本量过多的话,可以先进行脱蜡步骤,将溶解的蜡液先吸弃一部分,再进行二次脱蜡。若样本量<8片,不需要额外增加脱蜡液体积,可以尝试适当延长脱蜡时间。
Q2:为什么解交联后下层液体中会有组织颗粒?会影响后续实验吗?
A2:可能存在样本量投入过多或样本自身存在杂质无法溶解,不会影响后续实验。
Q3:脱蜡不充分该怎么处理?
A3:二次脱蜡。
Q4:90℃孵育1小时,会不会导致产物降解?
A4:长时间高温处理会导致DNA一定程度上的降解,1小时是在平衡解交联效果和核酸产量后比较合适的时间。
Q5:90℃孵育时间超过一个小时,会怎么样呢?
A5:产量会降低,且可能会造成片段的损伤(大片段占比降低)。
Q6:56℃孵育1 - 3小时有什么区别?
A6:无太大区别,但样本量过多的情况下推荐进行3小时孵育,增加裂解时间以达到提高产量和促进解交联的目的。
Q7:DM601/DM602试剂盒能提取穿刺样本吗?
A7:可以,直接投入足量的穿刺样本,按照说明书正常操作流程提取。
Q8:DM601/DM602试剂盒可以提取新鲜样本吗?
A8:理论上可以,需控制样本投入量10 mg左右,且不需要解交联过程。
Q9:不使用RNase A,对实验结果影响大吗?
A9:产量及纯度会虚高,RNA的存在会干扰DNA的测量,导致实际DNA投入偏低,而引发其它风险。
Q10:对应试剂中加入乙醇和异丙醇含量偏少?
A10:加入异丙醇的量偏少:产量会略微降低;加入乙醇的量偏少:产量会略微下降,且存在杂质去除不干净导致纯度降低的风险。
Q11:固定液组织投入量超过20 mg会导致裂解不充分吗?
A11:该试剂盒能兼容<20 mg的组织样本,建议减少投入量。
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