Ribo-clean rRNA Depletion Kit Mega (Bacteria）
原核rRNA去除试剂大升级，更多物种，更少残留，一盒搞定。
原核生物rRNA去除
Ribo-clean rRNA Depletion Kit Mega (Bacteria)是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。本试剂盒适用于起始模板量为0.01 - 1 μg的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA，总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNase I消化等步骤，最终将rRNA (包括5S、16S、23S rRNA)从总RNA中去除，保留mRNA及其他非编码RNA；本试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本，得到的RNA可用于mRNA和非编码RNA (例如IncRNA)分析。优化的反应体系提高了去除效果和物种兼容性。
- 兼容包括细菌、蓝藻、古细菌、立克次氏体等的原核物种
- 可兼容复杂环境样本中的多种混合原核生物去除
- 时间流程仅1h
使用多种细菌样本作为模板，分别使用RN417及友商同类型产品进行rRNA去除后，使用Vazyme#NR606进行文库构建，通过分析rRNA ratio数据，比较友商产品与RN417去除效果，其中友商试剂针对革兰氏阴性菌及革兰氏阳性菌分别使用对应的试剂盒进行实验。结果显示使用RN417进行rRNA去除处理的革兰氏阴性菌及革兰氏阳性菌上样本，rRNA残留率均低于5%，且表现显著优于友商同类型试剂。
图1. RN417针对单物种样本的rRNA去除效率
对从污泥及污水样本中提取的RNA模板，使用Vazyme# RN417进行rRNA去除后,使用Vazyme# NR606进行文库构建，通过分析rRNA ratio数据，分析比较去除前后复杂样本中原核生物的rRNA 残留。结果显示，未去除组中共检出1800+种原核生物，在去除组中rRNA残留总和统计可降低至0.5%以内。
图2. RN417针对复杂样本的 rRNA去除效果
-30 ~ -15℃保存，≤0℃运输。
Q1：纯化产物如何保存？
A1：纯化产物由于浓度较低容易降解，去除rRNA的样品应尽快进行下游实验，否则于-80 ~ -65°C保存。
Q2：如果纯化产物用于文库构建，但是使用的是Nuclease-free ddH2O洗脱，如何操作?
A2：使用VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illunima (Vazyme #NR606)时，若条件允许，加入等体积的VAHTS 2 × Frag/Prime Buffer V2 (Vazyme #N405)，之后反应体系均放大，直至做到纯化步骤，恢复体系；也可以再次使用VAHTS RNA Clean Beads (Vazyme #N412)进行纯化，最后用Frag/Prime Buffer洗脱。
Q3：如果纯化产物用于文库构建，打断条件和扩增循环数怎么选择?
A3：RNA去除后RNA的产量取决于起始RNA的质量、样品中rRNA的含量及使用的纯化方法。以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度均能达到上机测序要求，如果无法提取合格的RNA样品，可以尝试使用以下方法弥补：
1.起始量：提高样品起始量，上限1 μg。
2.做几个重复的样品，纯化步骤后合并在一起。
3.做不分选方案：94 ℃，8 min打断条件下RNA片段虽然偏小，但是分布会集中，均一性也较好。
Q4：若需要对多类物种进行rRNA去除，是否可以多种探针同时使用？
A4：可进行多种探针的同时使用。探针使用量可根据说明书推荐的使用量，同时减少RNA模板量。
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